Семинарский храм имеет небольшие размеры, площадь молельного зала составляет около 100 кв. м. Так как храм расположен в центре комплекса, встроен в другие корпуса, он освещается слабо — только верхними окнами. Поэтому было принято решение выполнить его в светлых тонах. Разработкой проекта оформления храма полностью занималась архитектор В.Г. Шубина. Предложенная ею концепция убранства, а также эскизы росписи – всё согласовывалось с Владыкой Ювеналием.

Для семинарского храма практически всё делалось индивидуально, с использованием современных технологий, не нарушающих православных канонов и традиций. Впервые для храмов вместо дерева был применён литьевой камень, что ускорило процесс строительства и подготовки интерьера. Для оформления последнего также широко использовались каменная и мраморная крошка.

Осветительная аппаратура для храма также разрабатывалась и изготавливалась индивидуально, с учётом росписи и декора иконостаса. Пол выложен керамической плиткой, но в традиционном мозаичном стиле, тогда как раньше пол выкладывался кусочками мрамора.

Применение всех вышеуказанных технологических новаций, помимо чисто практической цели, преследовало также цели учебные – возможность познакомить будущих священнослужителей с новыми возможностями и технологиями, которые впоследствии они смогли бы использовать для строительства или реконструкции храмов в своих приходах.

Значительное внимание при разработке и реализации проекта строительства храма Коломенской православной духовной семинарии было уделено росписи. Каждая храмовая роспись всегда индивидуальна. Не является исключением и роспись семинарского храма КПДС. Её отличает увеличенная доля орнаментального декора по отношению к живописи, стилистика же самих орнаментов продиктована применением каменной резьбы в иконостасе и киотах храма. В орнаменте присутствуют лаконичные, монументальные формы и линии, характерные для традиционной русской каменной резьбы.

Роспись выполнена акриловыми красками с применением сусального золота для позолоты. Общий колорит росписи — светлый и тёплый, выбран исходя из его соседства с большими белокаменными объёмами. Живописные же вставки достаточно активны в цвете и призваны акцентировать внимание зрителя на себе.

Роспись выполнена в иконописном стиле. Её концепция разрабатывалась путём поиска новых идей, связанных с особенностями планировки храма, но с обязательным условием соблюдения канонов Русской Православной Церкви.

Сюжеты росписи учитывают специфику семинарского храма – они подобраны таким образом, чтобы служить обучению студентов — будущих пастырей.

Верхняя часть росписи решена достаточно традиционно: изображения Господа Вседержителя в барабане и четырёх евангелистов на сводах. В росписи парусов наряду с традиционными изображениями двунадесятых праздников размещены две композиции из Ветхого Завета — «Грехопадение» и «Изгнание из Рая», как напоминание о греховности человеческой природы.

Над киотами размещены медальоны с поясными изображениями новомучеников — выпускников Коломенской духовной школы, что связывает тематику росписи с реальной историей семинарии, одновременно преследуя цель сохранения преемства поколений и воспитания будущих пастырей.

Тема новомучеников частично продолжена в росписи алтарной части храма.

Храм имеет относительно невысокий иконостас. В его верхнем ярусе присутствуют изображения святых, чьи имена связаны с темой знаний, обучения, просвещения.

Роспись храма Коломенской духовной семинарии выполнена специалистами Палехской икононописной мастерской «Лик» (руководитель О.Р. Шуркус).

Украшением храмового комплекса Коломенской духовной семинарии является звонница. Для оборудования храма колоколами был приглашён один из ведущих в России специалистов по колоколам – И.В.Коновалов, председатель Общества церковных звонарей. Благодаря его содействию был определён состав колоколов. При этом учитывалось назначение храма как семинарского, учебного, в котором звонница могла бы давать учащимся более широкое представление о колоколах и колокольном звоне, о значении колокольного звона в храмах. Поэтому было принято решение в помещениях под самой звонницей разместить музей колокольного звона.

Сами же колокола в большинстве своём выполнялись как копии наиболее известных в России колоколов, с подобным рисунком, с подобным внешним обликом. При этом на колоколах были отлиты надписи, имеющие отношение к жертвователям, благотворителями, а также фигуры и имена небесных покровителей церковных иерархов, при которых этот храм строился, – равноапостольного Кирилла, учителя Словенского, и святителя Ювеналия, патриарха Иерусалимского – и других святых. Картуш большого благовестного колокола особенная. Она гласит: «Отлит колокол сей в лето 2011 ко храму во имя Вселенских Учителей и Святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста при Святейшем Кирилле Патриархе Московском и всея Руси при Высокопреосвященнейшем Ювеналии Митрополите Крутицком и Коломенском тщанием семьи Цветковых Николая, Галины, Вероники и Юлии».

Колокола отливались на личные средства Г.В. Цветковой — члена семейного совета филантропических проектов Цветковых.